武汉三镇足球俱乐部成立于2013年,它的前身是由湖北省武汉市足协与尚文体育合作推行的尚文之星青训。 2017年5月注册为武汉尚文足球俱乐部,2018年11月正式改名为武汉三镇足球俱乐部。
这支球队在2018年的武汉城市足球超级联赛收获亚军,接着夺得中国足球协会会员协会冠军联赛南二区亚军,并且凭借总决赛第十六名的成绩递补升入中乙联赛。
2020年12月,多位前國腳和前中超球員加盟的武漢三鎮在中乙聯賽升級淘汰賽中,以總比分2-1力克北京理工,拿下2021年中國足球協會甲級聯賽的參賽權。值得一提的是,武漢三鎮在乙級聯賽決賽中,通過點球大戰以6-5戰勝淄博蹴鞠,稱霸2020賽季中乙聯賽。